Hluchavka skvrnitá roste v humosních lesních křovinách, zvláště v pobřežních houštinách, na svěžích a vlhkých lesních okrajích, v mělkých příkopech od luhů až do oblasti lesů bukových. Charakterizuje úrodné půdy s příznivými fyzikálními i chemickými vlastnostmi, podobně jako hluchavka žlutá, v bučinách nebývá však téměř nikdy tak hojná. Druh více hájový, nejhojnější v luhových vlhkých lesích chlumů a pahorkatin. Rozšířena v středoevropském lesním území od nížin až do hor na dostatečně vlhkých půdách. Pyskatá rostlina s rozšířením eurosibiřským. Kvete od konce dubna do října, za zvláště příznivého počasí až do listopadu.