Zjištění, že živé soustavy se skládají z malých samostatných jednotek, učinil Robert Hooke asi v roce l665. Zkoumal mikroskopem velice tenký plátek korku a viděl, že korek tvoří vzorec složený z nepatrných pravoúhlých otvorů.

Popsal je jako velice podobná voštině v plástvi medu… tyto póry neboli buňky nebyly hluboké, ale skládaly se z velkého množství maličkých krabiček. Hookeovy maličké krabičky byly ve skutečnosti nejzazší hranicí kdysi živých rostlinných buněk a také tím jediným, co zbylo, když buňka odumřela. Označení „buňka“ se však uchovalo pro popis celé živé buňky a je jedním z nejdůležitějších pojmů v biologii.

Dalším z badatelů, kteří používali mikroskop, byl holandský laik se zájmem o vědu, Anton van Leeuwenhoek. Van Leeuwenhoek vedl textilní obchod, ale jeho nejoblíbeněiší zálibou bylo objevování neviditelného světa pomocí mikroskopu, který si sám vyrobil. Díval se jím snad na úplně všechno – od zbytků potravy mezi zuby po vodu v rybníce.