Autoimunitní nemoci jsou, když tělo používá vlastní imunitní systém pro boj proti sobě samému. Využívá k tomu vlastní bílé krvinky a protilátky. Účinky se podobají alergickým reakcím. Přesné příčiny těchto zdravotních obtíží nejsou známé. Mezi takovéto druhy onemocnění patří revmatoidní artritida nebo Stillova nemoc.