Čistec lesní roste ve vlhkých lesích, pobřežních houštinách, na lesních okrajích i plotech. Charakterizuje svěží až mokré humosní půdy s příznivými fyzikálními a chemickými vlastnostmi. Roste v menších nebo větších souvislých porostech, často v společnosti s kopřivou dvoudomou a netykavkou. Rozšířen v středoevropských lesích od luhů až do pásma smrčin na stanovištích příznivých pro pěstování listnatých dřevin. Rostlina pyskatá eurasijského rozšíření. Kvete v červenci a srpnu.